아주 먼 옛날 은하계 저편에...(A long time ago in a galaxy far, far away...) 전쟁! 공화국(The Republic)은 시스의 군주, 두쿠 백작(Sith Lord, Count Dooku)의 무자비한 공격에 무너지고 있었다. 양측엔 영웅들이 있었고, 악(Evil)은 어디에나 존재했다. 드로이드의 사악한 지배자 그리비어스 장군(General Grievous)은 재빠른 행보로 공화국의 수도로 침입, 은하계 의회의 의장인 팰퍼틴(Chancellor Palpatine)을 납치했다. 분리주의자 드로이드 군대가 귀중한 인질과 함께 포위된 수도의 탈출을 시도하고, 두 제다이 기사(Jedi Knights)가 의장 구출의 중대한 임무를 이끈다. 클론 전쟁이 시작되었던 때로부터 3년이 지나고 팰퍼틴 의장(황제)과 제다이 사이의 불화는 더욱 커져 클론 전쟁은 더 이상 걷잡을 수 없게 격화된다. 자신이 제다이가 될 것임을 굳게 믿고 있던 아나킨은 제다이 기사 자격을 줄 수 없다는 기사단의 결정에 절망하고, 스승인 오비완과의 갈등은 더욱 깊어만 간다. 그런 아나킨에게 자신의 정체를 드러낸 펠퍼틴은 절대적인 힘을 갖게 해 주겠다며 그를 유혹하고, 아나킨은 점점 어둠의 힘에 이끌려 변해가는데… 어둠의 세력에 완전히 장악당한 아나킨은 자신에게는 아버지나 다름없는 오비완 캐노비와 맞닥뜨리게 된다. 자신의 가족과도 같은 제자의 변절을 믿을 수 없는 오비완의 피를 토해내는 절규에도 아나킨은 흔들림이 없다. 결국 아나킨과 오비완은 화산 한 가운데에서 서로의 목에 칼을 겨누게 된다. 목숨을 건 슬픈 결투를 하게 된 그들의 운명은 비극적인 결말을 향해 치닫게 되는데…