아주 먼 옛날 은하계 저편에...(A long time ago in a galaxy far, far away...) 은하계 의회(the Galactic Senate)에는 불안요소가 있었으니, 수천개의 태양계가 공화국을 떠난다는 선언을 하고 있었던 것이다. 정체불명의 두쿠 백작(Count Dooku)에 의한 이런 공화국 탈퇴의 움직임은 한정된 수의 제다이 기사들(Jedi Knights)에게 은하계의 평화와 질서를 유지하기 힘들게 하고 있었고, 전 나부의 여왕(Queen of Naboo), 아미달라 의원(Senator Amidala)은 열세에 있는 제다이 기사들을 돕도록 공화국 군대를 창설하자는 중대한 사안의 표결을 위하여 은하계 의회로 돌아오는 중이다. 제다이 기사 오비완(이완 맥그리거 분)의 도움으로 권좌를 되찾은 아마딜라 여왕(나탈리 포트만 분)과 젊은 아나킨 스카이워커(헤이든 크리스턴슨 분)와의 사이에서 사랑이 싹튼다. 이제 모든 악의 세력은 사라지고 평화로움이 찾아든 것 같은데, 과연 이 평화는 계속될 것인가. 그리고 스카이워커는 진정한 제다이 기사로 태어날 수 있을 것인가. 수백개의 행성과 강력한 연맹을 포함한 분리주의의 움직임은 은하계의 새로운 위협으로 등장 하고 클론 전쟁의 발발과 공화국 멸망의 시작을 초래한다. 어렴풋이 느껴지는 거대한 위협에 대항하기 위해 공화국의 수상인 팰퍼핀은 자신의 권력을 지속적으로 강화하면서 사기가 꺾인 제다이를 돕기 위해 공화국 대군의 창설을 허가한다. 이러한 상황에서 공화국 의회의 저명한 의원이 된 페드메 아미달라 여왕은 암살자의 표적이 되고 장성한 아나킨 스카이워커와 오비완은 그녀를 보호하는 임무를 부여 받는다. 아나킨과 페드메는 금지된 사랑에 빠지고 의무와 명예 그리고 사랑 사이에서 괴로워한다. 거대한 전쟁 속에서 아나킨과 아마딜라 그리고 오비완은 자신들 뿐만 아니라 공화국의 운명에 영향을 미칠 중요한 선택의 순간에 직면하게 되는데.