유명한 고 생물학자이자 공룡연구에 최고권위자인 알랜 그랜트 박사(샘 닐 분)는 공룡 '벨로시렙터'의 지적 능력에 관한 새로운 이론을 연구하면서 연구비 마련 대책에 고심하던 중, 사이비 재벌 폴 커비(윌리엄 메이시 분)와 그의 부인 아만다 커비(티아 레오니분)로 부터 연구비를 대줄테니 그 악몽의 섬인 이슬로 소르나 (일명 인젠사이트B)의 관광가이드가 되어달라는 요청을 받는다. 이슬라 소르나 섬은 전편에서 존 하몬드라는 재벌이 쥬라기 공원을 세워 공룡의 번식처가 되었고 모험을 원하는 사람들이 공룡을 찾아 떠났던 공룡의 원천지였던 것이다. 섬에 도착하자마자 공포가 닥치고, 그들은 인젠 연구소에서 비밀리에 붙여두었던 그동안 보지 못했던 새로운 공룡들과 맞닥들이면서 필사의 탈출을 시도하게 된다. 그랜트 박사는 공룡들로부터 도망치면서 자신의 연구 과제였던 벨로시렙터의 지적능력을 확인하게 되고, 위기상황에서 커비부부의 실종된 아들 에릭커비(트레버 모간 분)의 도움으로 구사일생 살아나는데.