쥬라기 공원이 사고로 인해 폐쇄된지 4년여, 무언가 살아남은 것이 있었다. 과거 DNA 추출로 공룡을 부활시켰던 해먼드(John Hammond: 리차드 어텐보로 분)는 쥬라기 공원이 폐쇄된 후에도 그 섬에서 조금 떨어져있는 '이슬라 소르나 섬의 'B 구역'이라는 공룡 생산 공장을 두고 생존해 있는 공룡들을 자연 그대로 인간의 손길이 닿지 않은 상태에서 관찰을 하고 있었다. 해먼드 박사가 속해있는 인젠사(INGEN)의 회장은 서식지에 대한 철저한 보고를 통해 공룡들에 대한 상황을 파악하면서, 이 B구역에 서식하고 있는 공룡들을 포획해 캘리포니아의 샌디애고에 제2의 쥬라기공원을 세울 계획을 하고 있었다. 휴양을 떠났던 관광객들이 어느날 공룡의 습격으로 사고를 당하면서, 이 섬에 관심이 집중된다. 해먼드에 의해 'B 구역'에 공룡생산공장이 있다는 놀라운 소식을 들은 말콤 박사(Dr. Ian Malcolm: 제프 골드브럼 분)는 사고 탐사 목적으로 파견된 여자 친구 사라 박사(Dr. Sarah Harding: 줄리안 무어 분)를 찾기위해 섬으로 떠난다. 말콤 박사는 이 섬에 새로운 음모가 도사리고 있음을 알게 된다. 인젠사의 회장이 보낸 공룡 사냥꾼들이 공룡 사냥을 위해 섬을 휘젓고 있었던 것이다. 말콤 박사 일행은 이들의 계획을 저지하기 이해 잡아놓은 공룡들을 풀어주지만 오히려 성난 공룡들의 습격을 받게 된다. 공룡 사냥꾼들과 공룡들의 쫓고 쫓기는 혈투 속에서 많은 사람들이 공룡들에 의해 희생되고, 랩터에 의해 쫓기던 말콤 박사 일행은 과거 쥬라기 공원의 잔재가 있었던 통제실에 무전시설이 있음을 알고 헬기구조 요청을 하게 된다. 말콤 박사는 잔인한 랩터들의 추격을 뿌리치고 천신만고 끝에 섬을 무사히 떠난다. 그러나 섬에 여전히 남아있는 공룡 사냥꾼들은 마지막까지 포기를 하지않고 공룡을 생포하여, 마침내 티라노 사우로스를 실은 거대한 운반선이 샌디애고 항구에 도착하게 되는데.