지능을 지닌 거북이와 쥐의 정체가 발각됐다! 방사성 물질로 인해 인간의 형태와 지능을 지니게 된 거북이 네 마리와 늙은 쥐 한 마리는 하수구에 숨어 살며 뉴욕의 평화를 위해 노력한다. 한편 방송국 기자인 에이프릴은 소리 없는 범죄의 피해자가 될 뻔하지만, 닌자 거북이들의 도움을 받고 위기에서 벗어나게 된다. 이 일을 통해 소리 없는 범죄의 배후인 더풋이라는 조직은 닌자 거북이들의 존재를 알게 되고 이들을 막기 위해 하수구를 습격한다.