초고속 네트워크 사회, 점점 더 지능화되고 흉포화해지는 범죄에 대항하기 위해 정부는 대장 쿠사나기를 필두로 비공식 사이보그 부대를 결성하여 공안 9과 공각기동대를 탄생시킨다. 어느 날, 각국의 정보망으로부터 네트워크를 중심으로 출몰하며 주가조작, 정보 조작, 정치공작, 테러 등의 죄목으로 국제수배 중인 인물 통칭 인형사가 일본에 나타났다는 경고가 공각기동대로 날아든다. 쿠사나기는 정체불명의 해커 인형사를 제거하기 위해 임무에 뛰어든다.