앨리스가 봉인하고 탈출한 하이브를 엄브렐러가 연구목적으로 다시 열면서 죽음의 바이러스는 라쿤 시티 전체로 확산된다. 엄브렐러사는 자신들의 실수를 은폐하기 위해 도시와 외부가 연결되는 유일한 통로를 차단해 버리고 만다. 한편 차단된 라쿤 시티에 갇힌 특수요원 질 일행과 합류한 앨리스는 한 치 앞을 예상할 수 없는 죽음의 공포 속에서 힘겨운 싸움을 벌이던 중 T 바이러스 개발자 찰스 박사로부터 도시 어딘가에 고립된 그의 어린 딸을 구해주는 조건으로 그들에게 탈출할 방법을 알려주겠다는 거래를 제안받는다.