달라스의 한 빌딩에서 이상한 폭발 사고가 발생한다. FBI의 특수 요원 멀더와 스컬리는 폭발 사고를 조사하던 중 이해할 수 없는 여러 의문점과 함께 알 수 없는 어떤 거대한 세력이 폭발 사고에 연루되어 있다는 사실을 감지하게 된다. 한편 텍사스 평원에서 한 아이가 땅속 구덩이 속으로 떨어지는 사고가 발생하는데 사고 후 아이의 생사와 존재에 대해서는 일체 알려지지 않았고, 사고 지점은 외부 세력으로부터 일반인에게서 격리된 채 무언가 알 수 없는 연구가 진행된다.