거대 몬스터들의 습격을 받은 지 3년 후, 콩은 스컬 아일랜드를 떠나 인간들의 보호관찰을 받고 있다. 한편, 인간들에게 등을 돌린 고질라는 비밀연구회사인 에이펙스에 존재하는 알 수 없는 힘에 이끌려 그곳을 쑥대밭으로 만든다. 위기 상황 속, 지구 안의 또 다른 지구인 할로우 어스의 에너지원을 찾아야만 인류가 안전할 수 있다는 판단하고 콩의 보호자들은 콩과 특별한 유대감을 형성하는 아이 지아와 함께 타이탄들의 고향일지 모르는 그 곳으로 위험한 여정을 떠난다. 그러던 중 분노에 찬 고질라의 공격을 받고, 마침내 맞붙게 된 두 전설의 장대한 대결은 앞으로 닥쳐올 대재앙의 서막에 불과했는데… 세상의 운명을 놓고, 지구상 가장 거대한 신화적 존재들의 스펙터클한 대격돌이 시작된다!