기억상실증에 걸린 전직 CIA의 요원 제이슨 본(맷 데이먼 분)은 밤마다 알 수 없는 악몽에 시달린다. 그 악몽이 바로 자신이 예전에 실제로 겪었던 일임을 확신하는 제이슨 본. 그는 자신을 제거하려는 CIA를 피해 연인 마리와 함께 떠돌이 생활을 하지만, 왜 자신이 쫓겨야 하는지 이유조차 모른다. 쫓고 쫓기는 와중에 연인 마리는 CIA 요원에게 살해되고, 제이슨은 자신이 모종의 음모에 연루되어 있음을 알게 된다. 여러가지 단서들을 조각조각 이어 붙여 퍼즐을 맞춰가던 제이슨은 자신이 러시아 하원의원 네스키와 그 부인의 피살사건과 연관돼있음을 알게 된다. 네스키는 러시아에 자본주의가 도입될 무렵에 카스피 해안의 석유개발 산업을 민간에 공개하는데 주도적 역할을 한 러시아 하원의원이었다. 그 사건의 배후엔 CIA 자금 횡령의 음모가 숨어 있었는데...