어린 시절의 트라우마로 암흑의 삶을 살던 사형수 칼럼 린치(마이클 패스벤더 분)는 의문의 조직, 앱스테르고의 과학자 소피아(마리옹 꼬띠아르)에 의해 자신의 유전자에 과거의 비밀이 깃들어 있다는 사실을 깨닫게 된다. 유전자 속에 숨어 있는 기억을 찾아주는 최첨단 기술을 통해 15세기에 살았던 조상 '아귈라'의 모험을 직접 체험하게 된 그는 '아귈라'가 비밀 모임 ‘암살단’에 속해 있었다는 사실까지 알게 된다. 이후, 놀라운 지식과 기술을 축적한 그는 세상을 통제하려는 템플 기사단에 맞서게 되는데...