제2차 세계대전 시기인 1944년, 독일은 헝가리를 점령하고 부다페스트엔 나치가 들이닥쳐 반유대계주의 정서가 먹구름처럼 몰려온다. 라디오 수리점에서 일하던 유대계 헝가리인 엘렉과 페렌츠는 다른 남자들처럼 반강제적으로 노동 수용소에 지원하고 그곳에서 노예처럼 일한다. 두 사람은 가까스로 수용소에서 탈출해 고향으로 돌아가지만 가족들은 사라지고 마을엔 비유대계 사람들만 남아있다.

엘렉은 우연히 길에서 예전부터 호감을 가졌던 한나를 만나 그녀의 삼촌이 운영하는 일명 ‘유리의 집’에서 스위스 보호용 통행권을 발급하는 일을 맡는다. 통행권만 있으면 유대인이라도 스위스로 떠날 수 있다. 한편 호르티 섭정은 스탈린과 연합국과 비밀리에 휴전협상을 시도하지만 나치는 이 사실을 알아채고 중간에서 가로막는다. 이 일로 나치와 친 나치 세력인 화살십자당이 권력을 휘두르고 유대인 학살은 더 심해지게 된다. 스위스 통행권 배송 업무를 하다 화살십자당에 걸린 친구를 구출하기 위해 엘렉은 나치 장교로 위장해 구출 작전에 성공한다.