인간의 몸을 기계로 바꿔 영원한 생명을 살 수 있게 된 먼 미래. 기계 백작에게 엄마를 잃은 '테츠로'는 기계 인간이 되어 복수하기로 결심한다. 우연히 신비로운 여인 '메텔'을 만난 '테츠로'는 그녀의 도움으로 목숨을 부지하고, 기계 몸을 무료로 준다는 안드로메다 행성으로 가기 위해 초특급 999호에 오른다. '테츠로'는 '메텔'과 함께 여러 행성을 여행하며 점차 성장하고, 꿈에 그리던 초특급 999호의 종착역에 도착한다. 하지만, 그곳에서 뜻하지 않은 비밀을 마주하게 된다.