유곡 초등학교로 교환 수업을 온 서울 초등학교 아이들과 인솔자 정유미 선생님(최지나 분)은 유곡 초등학교의 김개동 선생님이 들려주는 학교에 얽힌 무시무시한 처녀귀신의 이야기를 듣고 공포스럽기만 하다. 그러나 선생님의 귀신이야기에 호기심이 발동한 서울 초등학교 아이들은 귀신을 보고야말겠다는 일념을 불태우며 학교의 구석구석을 돌아다니기 시작하는데. 가뜩이나 김개동 선생님(신동엽 분)에게 들은 귀신이야기로 심란한 정유미 선생님은 공교롭게도 밤 12시에 화장실을 갔다가 귀신을 목격하고 경악을 금치 못한다. 이 일을 계기로 학교에 떠도는 귀신이야기는 순식간에 퍼지고 꼬마 콜롬보 태석과 철수, 훈이 등 겁없는 일당들은 유곡 초등학교의 비밀을 캐기 위해 귀신이 살고 있다는 학교 별관을 뒤지려 한다. 그러나, 만득이는 '학교 전설을 알려고 하면 다친다.'며 서울 아이들에게 무시무시한 경고를 한다. 그러던 어느 날, 태석은 이 학교에 누군가 저주를 풀지 않고 있다는 메시지를 받고 아이들과 함께 별관에 몰래 숨어 들어간다. 그곳에서 아이들은 온갖 귀신들에게 쫓기게 되고 급기야는 어디론가 사라지고 만다. 태석은 친구들을 찾기 위해 비밀의 열쇠를 쥐고 있는 만득이에게 도움을 청한다. 그로부터 우물에 빠져 죽은 영주(전혜진 분)라는 소녀에 대한 이야기를 듣게 된 태석은 서서히 학교의 으스스한 비밀에 한 발 한 발 다가서게 된다. 그러던 중 태석이 절대 열어서는 안된다고 만득이 경고했던 우물뚜껑을 열면서 사건은 더욱 복잡하해지는데.