미국 정부가 인공지진으로 적을 공격하는 비밀 병기 데스티니를 개발하면서 지구엔 갑작스러운 기상 이변과 커다란 재난이 발생한다. NASA 측은 이대로라면 1년 안에 인류가 전멸하리라 판단하고 전 세계가 모르게 원인을 해결하기로 결정한다. NASA 측은 각각의 최고능력을 보유한 6명의 대원을 차출하여 엄청난 열과 압력에 견뎌낼 수 있는 탐사선에 핵폭탄을 싣고 지구의 중심핵으로 내려가 지구의 핵을 다시 회전시키는 인류 최대의 임무를 수행하게 한다. 지구의 핵으로 들어갈수록 위험은 계속되고, 그사이 지상 위에서는 계속 커다란 재난들이 발생한다. 버질호의 대원들 역시 수많은 변수 속에 한 명씩 운명을 달리한다. 결국 짐스키는 지상 관제소에 프로젝트 포기 의사를 밝히고 데스티니의 프로그램을 가동하라는 최후통첩을 전달한다.