고아가 된 메리 레녹스는 영국의 이모부 댁에 맡겨진다. 그러나 이모부는 아내를 잃은 슬픔에 빠져있었고 하녀장인 메드록 부인이 메리를 돌본다는 핑계로 그녀를 과도하게 통제한다. 그녀의 눈을 피해 정원을 모험하던 메리는 다른 하녀의 동생 딕콘을 만나 친구가 된다. 메리와 딕콘은 우연히 방 안에 갇혀 살고 있는 죽은 이모의 병약한 아들 콜린을 발견하고 그가 그의 어머니의 비밀 정원을 볼 수 있도록 돕는다. 메리는 메드록 부인의 눈을 피해 정원에서 콜린에게 걷는 법을 가르치고, 황폐해진 저택을 애정과 보살핌으로 가꾸어 나간다.