1933년, 구미 열강과의 깊어지는 대립으로 군비 확장 노선을 걷기 시작한 일본. 해군은 세계 최대의 전함 ‘야마토’를 건조하기 위한 계획을 비밀리에 진행 중이었다. 하지만 엇갈리는 내부 의견과 반대 여론까지 등장하면서 건조 계획은 무산될 위기에 처하는데… 이때 전함 건조가 막대한 손실을 불러일으킬 거라고 주장하는 ‘반대파’ 해군 소장 ‘야마모토 이소로쿠’는 100년에 한 번 나올까 말까 한다는 천재 수학자 ‘카이 타다시’를 만나게 된다. 다루기 만만치 않고 독특한 성격을 가진 그는 군인이 싫다며 처음엔 협력을 완강히 거부하지만, 거대 전함을 완성시켜 세계 전쟁을 일으키려는 일본의 야욕과 음모를 알게 되자 이를 저지하기 위해 혼돈의 중심에 홀로 뛰어든다.