항구가 보이는 언덕에서 코쿠리코 하숙집을 운영하는 열여섯 소녀 우미는 바다에서 돌아가신 아버지를 생각하며 매일 아침 안전한 항해를 기원하는 깃발을 올린다. 그 깃발을 매일 바다 위에서 바라보는 열일곱 소년 순. 한편, 낡은 것을 모두 부수고 새로운 것으로 바꾸자는 사회적인 움직임과 함께, 우미의 고등학교에서도 오래된 동아리 건물의 철거를 두고 갈등이 일어난다. 우미와 순은 낡았지만, 역사와 추억이 깃든 건물을 지키기 위해 친구들과 함께 보존 운동을 시작하고 두 사람은 이를 계기로 서로에게 서서히 끌리기 시작한다.