1839년 여름, 칠흑같이 어두운 어느 밤 세찬 비바람이 몰아치는 가운데 53명의 흑인들을 싣고 쿠바 해안을 떠난 아미스타드호 선상에서 반란이 일어난다. 발란 주모자인 싱케이를 비롯한 흑인들은 항해를 맡을 2명의 선원을 제외한 모든 백인들을 무참히 살해한다. 그들의 목적은 오직 고향 아프리카로 돌아가는 것이다. 항해기술이 전혀 없는 흑인들은 2명의 선원에게 키를 맡기는데 선원들의 간계로 흑인들은 2달 후 코네티컷 해안에서 미국 해군의 함대에 붙잡히고, 선원들을 살해한 혐의로 감옥에 갇힌다. 흑인 해방운동가인 데오도오 죠드슨은 이들을 아프리카로 돌려보내기 위해 변호사 로저 볼드윈을 찾아간다.