헤더는 항상 무언가로부터 쫓기는 꿈을 꾼다. 그리고 무언가를 숨기는 듯한 아빠까지 그녀를 불안하게 한다. 18살 생일날, 헤더는 아버지가 사라지는 악몽에 시달린다. 새로운 학교로 가는 그녀는 한 남자로부터 위험에 빠질 것이라는 소리를 듣는다. 그리고 전학간 첫날부터 주변이 다른 공간으로 바뀌며 이상한 환영에 사로잡히게 된다. 학교에서 만난 빈센트는 그녀에게 호의를 보이고 집에 데려다 준다. 하지만, 자신의 꿈 속처럼 아빠는 사라지고 헤더는 붉은 피로 벽에 씌여진 ‘사일런트 힐로 돌아오라’는 메시지를 받는다. 헤더는 사라진 아빠를 찾기 위해 빈센트와 함께 사일런트 힐로 향하는데…