세기말 최후의 비밀 보석인 '에그'가 51번째로 일본에서 발견되자 괴도 키드가 이를 노린다는 사실이 전해진다. 에그의 주인인 스츠키 소노코는 에그를 박물관에 전시하려고 하지만 키드가 침입할 것을 두려워하여 코난 일행과 명탐정 헤이지의 도움을 받기로 한다. 코난과 헤이지는 함께 키드를 잡으려 하지만, 키드는 어느새 에그를 훔쳐 달아난다. 자신을 뒤쫒는 사람들을 따돌린 채 유유히 오사카에 도착한 키드, 그러나 그곳에는 그를 노리는 다른 사람이 있었는데...