최강의 요원 헨리(윌 스미스)는 자신과 완벽하게 닮은 의문의 요원(윌 스미스)에게 맹렬한 추격을 당한다. 한편 헨리와 이제 막 동료가 된 대니(메리 엘리자베스 윈스티드), 헨리의 오랜 동료 배런(베네딕트 웡)은 의문의 요원에게 이상한 낌새를 느끼고 정체를 파헤치기 시작하고, 그가 헨리의 DNA를 추출해 탄생한 ‘제미니 프로젝트’ 요원임을 알게 된다. 헨리의 전성기와 너무나 완벽하게 닮은 한 사람을 만나 충격에 빠지는 헨리와 동료들. 그들은 ‘제미니 프로젝트’를 파괴하기 위한 작전을 시작하는데…