십대의 돌연변이 레인(메이지 윌리암스 분)과 일리야나(안야 테일러조이 분), 샘(찰리 히튼 분), 로베르토(헨리 자가 분)는 비밀 시설에 수용되어 심리 상태를 감시 받는다. 이들이 사회에는 물론 스스로에게도 위험한 존재라고 생각하는 닥터 레예스(앨리스 브라가 분)는 이들에게 돌연변이 능력을 통제하는 방법을 가르쳐주고자 애쓴다. 어느 날, 대재앙이 덮친 마을에서 혼자 살아남은 대니(블루 헌트 분)가 이곳에 들어오며 끔찍한 일들이 벌어지기 시작하고, 자신들의 힘을 두려워하고 다룰 줄 몰랐던 십대 돌연변이들은 믿기지 않는 경험을 하며 자신들의 능력을 각성하기 시작하는데…