나뭇잎 마을의 우즈마키 나루토는 아무도 못말리는 말썽꾸러기인데다가, 닌자 졸업 시험에 연속해서 낙방한 전력이 있는 문제아. 다시 돌아온 시험에서 나루토는 마지막 관문인 분신술에 실패하여 또 낙제를 하게 된다. 상심한 나루토에게 닌자 선생님 중 한 명인 미즈키 선생님이 다가와 마을 뒷산에 숨겨진 '봉인의 서(봉인된 책)'만 있으면 시험에 쉽게 통과할 수 있다고 알려준다. 그러나 나루토가 이 책을 가지러 갔다는 말에, 평소 나루토를 아껴주고 힘을 북돋워주던 이루카 선생님은 급히 나루토의 뒤를 쫒는다. 미즈키는 사실 마을의 천덕꾸러기로 미움을 받고 있는 나루토를 이용하여 봉인의 서를 손에 넣으려는 음모를 꾸몄던 것이다. 이 일을 계기로 나루토는 미즈키로부터 자신의 정체가 구미호의 봉인체라는 충격적인 이야기를 듣는다. 사람들을 닥치는대로 해하던 흉한 구미호를 전설적인 닌자인 호카게가 당시 아기였던 자신의 몸에 봉인했다는 것이다. 나루토는 마음의 충격이 컸지만 자신을 위로해주는 이루카 선생님의 말씀에 감동하여 마침내 자신의 능력을 제대로 선보이고, 그 결과 졸업에 성공하게 된다. 하급 닌자인 견습 닌자가 된 나루토는, 꽤나 실력도 인물도 출중한 사스케와 당찬 여닌자 사쿠라를 동료로 하여 새로운 선생님인 카카시를 모시게 된다. 하지만 행실이 그다지 선생님으로서 모범적이지 못한 카카시는 오히려 나루토 일행에게 실력이 너무 형편없다며 구박을 일삼는다. 사실 말이 동료일뿐 팀 웍이 전혀 갖추어지지 않은 나루토 일행은 개인 플레이로 인해 여러번 일을 망치곤 한다. 자신들의 주어진 일에 만족하지 못하고 있는 나루토 일행에게 호카게 (최고의 닌자에게 대를 물려 이어지는 이름)는 새로운 임무를 주는데...