“강한 자만이 살아남을 것이다” 아포칼립스 고대부터 신으로 숭배 받아왔던 최초의 돌연변이 아포칼립스가 수천 년간 무덤에 잠들어 있다가 1983년 이집트에서 깨어난다. 타락한 문명에 분노한 아포칼립스는 절망에 잠긴 매그니토를 비롯하여, 스톰, 사일록, 아크엔젤에게 보다 강력한 힘을 주며 자신의 수하 ‘포 호스맨’으로 삼는다. 그리고 인류를 멸망시키고 새로운 세상을 건설하여 강한 자들만의 세상을 만들려고 한다. “지켜야 한다” 엑스맨 한편, 프로페서 X는 어린 돌연변이들을 위한 영재학교를 설립해 인간과의 평화로운 공존과 희망을 찾을 수 있도록 가르친다. 아직은 스스로 능력을 통제하지 못하는 진 그레이를 통해 아포칼립스가 초래한 인류의 멸망을 예견하게 된 프로페서 X는 미스틱과 함께 젊은 돌연변이들로 이뤄진 엑스맨을 결성한다. 아포칼립스를 막기 위해 사상 최대의 전쟁에 나서게 된 그들. 도저히 막을 수 없는 적과 싸워야만 하는데… 인류의 운명을 건 마지막 전쟁! 당신의 엑스맨은 지금부터 시작이다!