1936년 남아메리카. 인디아나 존스(해리슨 포드 분) 박사는 험난한 밀림 지대를 헤치고 독거미와 온갖 부비트랩을 뚫고서 고대 문명의 동굴에 보관된 보물을 손에 넣는데 성공하지만, 마지막 순간 악덕 고고학자 벨로크(폴 프리먼 분)에게 빼앗기고 만다. 대학으로 돌아온 인디에게 정보국 사람들이 찾아온다. 미정보부 유럽 지부가 카이로에서 베를린으로 보내지는 독일 나치의 무선을 도청했는데, 내용은 다음과 같다. "타니스 발굴 작업 진행 중, 태양신 지팡이의 꼭대기 장식이 필요함. 에브너 레이븐우드 미국". 에브너 레이븐우드 박사의 제자였던 인디의 설명에 따르면 이렇다. 모세가 호렙산에서 가져왔다가 깨뜨린 십계명이 새겨진 석판 2조각을 넣어 보관한 일명 '언약의 궤'라고 하는 이 성궤는 유대인들이 가나안에 정착한 후, 예루살렘의 솔로몬 신전에 보관했으나 어느날 흔적도 없이 사라진다. 전설에 의하면, 기원전 980년 경에 예루살렘을 침략한 이집트 시셉 왕이 그것을 타니스로 옮겨 '영혼의 우물'이라 불리우는 비밀의 방 속에 감췄다는 것. 구약성서에 의하면 진정한 메시아가 이 땅에 내려올 때 성궤를 찾게 될 것이라 한 구절 때문에 전세계의 종교적 문화 유산을 찾는 독일 고고학자들이 타니스의 위치를 알아낸 것인데, 이 방면을 먼저 연구했던 레이븐우드 교수가 소장하고 있는 태양신 지팡이 장식이 필요했던 것. 정부의 지원으로 나치보다 먼저 성궤를 찾으려는 인디는 레이븐우드 박사가 있는 네팔로 향한다. 그곳에서 레이븐우드의 딸이자 과거 자신의 연인이었던 마리온(카렌 알렌 분)과 재회한 인디는 박사가 이미 오래 전에 사망한 사실을 알게 된다. 다행스럽게도 지팡이 장식은 마리온이 갖고 있는데, 이때 막 들이닥친 나치의 디트리히(볼프 칼러 분) 일당과 한바탕 총격전을 벌이게 된다. 무사히 위험을 넘긴 두 사람은 인도를 거쳐 카이로의 독일군 발굴 현장에 도착한다. 나치와 사투를 벌이면서 인디는 마침내 지팡이 장식의 글을 해독하여 '영혼의 우물' 위치를 알아낸다.