황량한 어촌에서 구원만을 꿈꾸며 살아가는 ‘막달라 마리아’(루니 마라)는 정혼을 거부했다는 이유만으로 가족들에게조차 외면 당한다. 그러던 어느 날 마을을 방문한 ‘예수’(호아킨 피닉스)와 그의 제자들로부터 깨달음을 얻게 된 마리아는 예수에게 직접 세례를 받은 뒤 유일한 여성 사도로서 그들의 여정에 동참하게 된다. 한편, 예수는 죽은 자를 살려내는 기적을 행하고도 다가올 자신의 운명 앞에서 괴로워하는데…