거인이 모든 것을 지배하는 세계 사람들의 평온한 일상은 무너졌다. “한 마리도 남김없이 쓸어버리겠어.” 그 각오와는 정반대로 갑자기 거인으로 변해버린 주인공 엘런. 자신이 누구인지 갈등하던 와중에 엘런은 그 능력을 써서 인류를 구하게 된다. 어떤 이는 그를 ‘구세주’라 칭송하고 어떤 이는 그를 ‘악마’라 두려워한다. 다음으로 그들 앞에 나타난 것은 다른 거인들과는 명백히 다르게 지성을 가진 여성형 거인. 그녀는 대체 무엇인가... 엘런에게 숨겨진 능력의 비밀은...