일본에서 가장 높은 빌딩이라는 쌍둥이 빌딩에 들른 '코난' 일행은 그곳에서 빌딩 건설을 둘러싼 비밀이 있다는 것을 알게 된다. 첫 번째 살인 사건이 일어나는 동안 정체불명의 포르쉐가 빌딩 근처에 나타나고, 코난은 그 차가 검은 조직의 것이라고 확신한다. 한편, 의식을 잃은 '쉐리'는 매일 밤 누군가와 연락을 취하는데...