1757년, 미국 식민지 시대. 부모를 잃은 영국계 백인 나다니엘 (다니엘 데이 루이스)은 쇠 망해가는 모히칸족의 추장 칭가츠국의 아들 웅카스와 함께 형제처럼 키워진다. 아메리카 대륙을 차지하기 위한 영국과 프랑스의 전쟁은 격렬해지고 그 어느 쪽에도 속하길 원치 않은 모히칸족은 영국군의 강제징집 명령을 거부한다. 하지만, 우연히 영국군 사령관의 딸 코라 (매들린 스토우)와 그의 일행을 구하게 되고 나다니엘은 거스를 수 없는 운명처럼 사랑에 빠지게 된다. 그렇게 사랑하는 연인과 모히칸족의 미래를 위해 그는 처절한 전쟁의 소용돌이에 휘말리게 되는데…